4. Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta
Peringkat Nasional: 27
Peringkat Dunia: 2643
Tahun Berdiri: 26 September 1951
website: http://www.uin-suka.ac.id/
Alamat: Jl. Laksda Adisucipto, Papringan, Caturtunggal, Kec. Depok, Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta 55281
Telepon: (0274) 512474
5. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
Peringkat Nasional: 33
Peringkat Dunia: 2858
Tahun Berdiri: 1 Maret 1981
website: https://www.umy.ac.id/
Alamat:Jl. Brawijaya, Geblagan, Tamantirto, Kec. Kasihan, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta 55183
Telepon: (0274) 387656
6. Universitas Ahmad Dahlan
Peringkat Nasional: 44