Ada beberapa tempat yang menjadi wilayah atau dimiliki oleh Sovereign Military Order of Malta, yakni:
1. Palazzo Malta di Roma - Italia
Palazzo Malta adalah "ibukota" dari Sovereign Military Order of Malta.
Ia dikenal pula dengan sebutan Palazzo di Malta atau Palazzo dell'Ordine di Malta.
Palazzo Malta adalah sebuah bangunan yang menjadi markas terpenting dari negara ini.
Di bagian luar bangunan terdapat bendera Sovereign Military Order of Malta yang berkibar.
2. Villa Malta di Roma - Italia
Villa Malta atau Villa del Priorato di Malta adalah rumah bagi Biarawan Agung dari Sovereign Military Order of Malta. Meski letaknya yang berada di perbatasan Italia, tempat ini dan Palazzo Malta memiliki status ekstrateritorial.
Ini karena Italia merupakan salah satu dari 107 negara yang mengakui Sovereign Military Order of Malta.
Villa Malta juga menjadi kedutaan besar Sovereign Military Order of Malta untuk Italia.
3. Benteng St Angelo di Vittoriosa - Republik Malta
Selain di Italia, kawasan Sovereign Military Order of Malta juga terletak di kota Vittoriosa (Birgu), Republik Malta.
Di sana terletak Benteng St Angelo yang merupakan wilayah terbesar Sovereign Military Order of Malta dibanding lainnya.